OracleR

ROracle sur Linux x86-64 avec un client 12c

rtiran

J’ai récemment rencontré un problème lors de l’installation de ROracle 1.2-1 sur une machine Ubuntu avec un client 12c:

raphael@raphael-Alienware-14:~$ lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description: Ubuntu 14.04.3 LTS
Release: 14.04
Codename: trusty
raphael@raphael-Alienware-14:~$ 
raphael@raphael-Alienware-14:~$ uname -a
Linux raphael-Alienware-14 3.13.0-66-generic #108-Ubuntu SMP Wed Oct 7 15:20:27 UTC 2015 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
raphael@raphael-Alienware-14:~$

Mise en place du client Oracle

Un Instant Client a été préalablement mis en place. Pour cela, les packages suivants ont été téléchargés:

  • Instant Client Package – Basic
  • Instant Client Package – SDK

Ils ont été décompressés dans le répertoire « /home/raphael/Oracle/instantclient_12_1 ». Les variables ORACLE_HOME, LD_LIBRARY_PATH et OCI_LIB ont ensuite été valorisées:

raphael@raphael-Alienware-14:~$ echo $ORACLE_HOME
/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1
raphael@raphael-Alienware-14:~$ echo $OCI_LIB
/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1
raphael@raphael-Alienware-14:~$ echo $LD_LIBRARY_PATH 
/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1
raphael@raphael-Alienware-14:~$

Installation du package DBI

raphael@raphael-Alienware-14:~$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/DBI_0.3.1.tar.gz
--2015-10-24 22:45:39-- https://cran.r-project.org/src/contrib/DBI_0.3.1.tar.gz
Résolution de cran.r-project.org (cran.r-project.org)... 137.208.57.37
Connexion vers cran.r-project.org (cran.r-project.org)|137.208.57.37|:443... connecté.
requête HTTP transmise, en attente de la réponse... 200 OK
Taille : 30106 (29K) [application/x-gzip]
Enregistre : «DBI_0.3.1.tar.gz.1»

100%[===================================================================================>] 30 106 --.-K/s ds 0,1s 

2015-10-24 22:45:39 (235 KB/s) - «DBI_0.3.1.tar.gz.1» enregistré [30106/30106]

raphael@raphael-Alienware-14:~$ R CMD INSTALL DBI_0.3.1.tar.gz 
* installing to library ‘/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘DBI’ ...
** package ‘DBI’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (DBI)
raphael@raphael-Alienware-14:~$

Installation de ROracle

L’installation échoue en raison de l’absence d’un répertoire:

raphael@raphael-Alienware-14:~$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/ROracle_1.2-1.tar.gz
--2015-10-24 22:46:22-- https://cran.r-project.org/src/contrib/ROracle_1.2-1.tar.gz
Résolution de cran.r-project.org (cran.r-project.org)... 137.208.57.37
Connexion vers cran.r-project.org (cran.r-project.org)|137.208.57.37|:443... connecté.
requête HTTP transmise, en attente de la réponse... 200 OK
Taille : 299072 (292K) [application/x-gzip]
Enregistre : «ROracle_1.2-1.tar.gz»

100%[===================================================================================>] 299 072 178KB/s ds 1,6s 

2015-10-24 22:46:24 (178 KB/s) - «ROracle_1.2-1.tar.gz» enregistré [299072/299072]

raphael@raphael-Alienware-14:~$ R CMD INSTALL ROracle_1.2-1.tar.gz 
* installing to library ‘/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘ROracle’ ...
** package ‘ROracle’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
configure: error: "/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1/rdbms/public" directory does not exist
ERROR: configuration failed for package ‘ROracle’
* removing ‘/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/ROracle’
raphael@raphael-Alienware-14:~$

Il apparaît que la valorisation de la variable d’environnement OCI_INC permet de solutionner le problème:

raphael@raphael-Alienware-14:~$ 
raphael@raphael-Alienware-14:~$ export OCI_INC=/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1/sdk/include
raphael@raphael-Alienware-14:~$ 
raphael@raphael-Alienware-14:~$ R CMD INSTALL ROracle_1.2-1.tar.gz 
* installing to library ‘/home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0’
* installing *source* package ‘ROracle’ ...
** package ‘ROracle’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1/sdk/include -fpic -O3 -pipe -g -c rodbi.c -o rodbi.o
rodbi.c: In function ‘rodbiResBind’:
rodbi.c:2293:11: warning: format ‘%lld’ expects argument of type ‘long long int’, but argument 3 has type ‘sb8’ [-Wformat=]
 sprintf(err_buf, RODBI_ERR_BIND_VAL_TOOBIG, bndsz);
 ^
rodbi.c:2336:9: warning: format ‘%lld’ expects argument of type ‘long long int’, but argument 3 has type ‘sb8’ [-Wformat=]
 sprintf(err_buf, RODBI_ERR_BIND_VAL_TOOBIG, bndsz);
 ^
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1/sdk/include -fpic -O3 -pipe -g -c rooci.c -o rooci.o
gcc -std=gnu99 -shared -o ROracle.so rodbi.o rooci.o -L/home/raphael/Oracle/instantclient_12_1 -lclntsh -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/raphael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/ROracle/libs
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Creating a generic function for ‘summary’ from package ‘base’ in package ‘ROracle’
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
* DONE (ROracle)
raphael@raphael-Alienware-14:~$

Néanmoins selon le guide d’installation, le positionnement de cette variable ne devrait pas être nécessaire dans la mesure ou les headers du clients sont stockés dans leur localisation par défaut:

« Both methods assume that Basic and SDK packages were unzipped into the same directory and Oracle Client headers are located under $OCI_LIB/sdk/include. If this is not the case, then set either the OCI_INC environment variable or the –with-oci-inc configure option appropriately. »

Test de connectivité

raphael@raphael-Alienware-14:~$ R

R version 3.0.2 (2013-09-25) -- "Frisbee Sailing"
Copyright (C) 2013 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
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R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
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Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.

> library(ROracle)
Le chargement a nécessité le package : DBI
> ora = Oracle()
> cnx = dbConnect(ora, username="rafa", password="rafa", dbname="192.168.1.22:1521/PDB_ODM")
> summary(cnx)
User name: rafa 
Connect string: 192.168.1.22:1521/PDB_ODM 
Server version: 12.1.0.2.0 
Server type: Oracle RDBMS 
Results processed: 0 
OCI prefetch: FALSE 
Bulk read: 1000 
Bulk write: 1000 
Statement cache size: 0 
Open results: 0 
> dbDisconnect(cnx)
[1] TRUE
>

 

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